Si bien no se conoce el estado de conservación de las especies en Costa Rica, debido a lo complejo que es realizar un estudio poblacional significativo en las áreas protegidas, sabemos que a nivel Mesoamericano se mencionan al menos las especies del género Melipona como vulnerables, y la Melipona (Melikerria) beecheii como la más amenazada, debido a que es muy apreciada para la producción de miel. Sin embargo, ambas especies son muy vulnerables a los ataques de abeja limón y moscas parásitas, siendo estas últimas las que terminan por destruir las colmenas.
Así mismo podemos citar los géneros Partamona, Paratrigona, Meliwillea, y Trigonisca, como los que menos información presentan en términos de estados poblacionales silvestres en el territorio nacional, pues conforman grupos que no son buscados ni rescatados por no ser del todo aptos para la producción de miel, aunque según algunos autores hay registros del uso de algunas especies en América del sur.
También, la extracción de las abejas sin aguijón, de sus sitios naturales, y destrucción de sus colmenas por extracción de madera, juegan un papel importante agregando incertidumbre a los conocimientos actuales sobre la ecología de poblaciones silvestres del grupo. Es por esto que los estudios científicos y esfuerzos en función de la protección de las abejas son tan valiosos.