Las primeras referencias escritas del golfo de Nicoya datan de una expedición de Juan de Castañeda y Hernán Ponce de León, quienes en 1519 visitaron por mar el golfo de Nicoya. Fray Bartolomé de las Casas (citado en Meléndez, 1978:49) menciona que en dicha expedición “… hallaron un golfo de más de 20 leguas lleno de islas, y es puerto cerrado y admirable; llamánlo los indios Chira y ellos lo llamaron San Lúcar; este es el puerto que dicen de Nicoya…”. aunque en ese momento no entraron al golfo debido a que los indios aparecieron en la costa haciendo gran ruido con trompetillas y cornetas y signos de fiereza por lo que mejor siguieron su curso.
Mapa de 1529 elaborado por Gonzálo Fernández de Oviedo donde se muestran las islas y algunas de las poblaciones que habitaban sus islas y costas.
En 1529 durante su paso de Panamá a Nicaragua Gonzalo Fernández de Oviedo permaneció un mes en el golfo y realizó la mejor descripción del mismo y sus islas, aportando incluso un mapa de la zona. Según sus relatos el golfo de Nicoya para esa época era una zona que tenía una amplia ocupación humana, tanto en las islas como en la costa. Existían varios poblados importantes en las islas más grandes y la gente vivía, navegaba, comerciaba y desarrollaba actividades de todo tipo, incluidas la pesca, la recolección de moluscos, el procesamiento de sal, la explotación del caracol del Murice para el teñido de tejidos de algodón y un sin número de otras actividades cotidianas.
A pesar de que sabemos de la amplia ocupación humana en los alrededores del golfo de Nicoya y sus islas, la costa oeste del golfo de Nicoya ha sido poco estudiada arqueológicamente. Además de un proyecto realizado en la década de los años 80 que permitió el registro de varios sitios en sus islas (Creamer 1983, 1986), el resto de los monumentos arqueológicos registrados hasta la fecha son producto de hallazgos fortuitos, visitas aisladas y pequeños proyectos de alcance limitado (Guerrero, Vázquez y Solano 1992, Valerio 2018).