Arqueología
El Departamento de Antropología e Historia del Museo Nacional se enfoca en la inspección, evaluación y rescate del patrimonio arqueológico en sitios o regiones de todo el país. Las investigaciones, de mediano y largo plazo, se realizan a partir de recursos financieros del Museo y de alianzas con instituciones y empresas nacionales, como universidades, y con entes extranjeros. Se atienden reportes de la sociedad civil sobre huaquerismo y alteraciones de sitios y se realiza una gestión de fiscalización de la labor arqueológica privada, debido al esquema actual de trabajo mixto, que admite la completa ejecución de rescates arqueológicos tanto del Estado como de profesionales privados.
Historia Natural
La investigación del Departamento de Historia Natural del Museo Nacional de Costa Rica está orientada a generar, documentar y divulgar conocimiento sobre el patrimonio natural del país, a fin de propiciar su valoración entre la sociedad y contribuir con su conservación y uso sostenible. La investigación se realiza en los campos de botánica, micología, ornitología, mastozoología, entomología, paleontología y geología y se enfoca en las áreas temáticas de taxonomía, inventario, monitoreo y conservación de la biodiversidad, caracterización biológica de ecosistemas naturales y rescate y conservación de elementos del patrimonio fósil y geológico del país.
Historia de Costa Rica
La investigación histórica en el Museo Nacional de Costa Rica tiene como objetivos generar, divulgar y proyectar la historia, la diversidad y el patrimonio cultural del país.
Los resultados científicos y divulgativos de estas investigaciones se han dirigido en primer lugar a desarrollar la curaduría de exhibiciones, a profundizar en la historia del Museo Nacional y de su edificio, a generar material divulgativo de muy diversa índole y a enriquecer el conocimiento relativo a las colecciones históricas del Museo, que ascienden a 40 mil bienes.