Luego de que Tinoco derrocó a González Flores en 1917, se aceleraron los trabajos de construcción del cuartel: se levantó la mayor parte de los muros externos y los torreones, se construyó el sector este y la parte inferior del sur y posiblemente el sector norte. En el noroeste se mantuvo la antigua casa de Mauro Fernández, que al inicio y por poco tiempo, sirvió como Primera Sección de Policía.

Después de la caída de Tinoco en 1919 la construcción del Cuartel se paralizó a partir de 1923. Los trabajos se reiniciaron en 1928 con la conclusión de los sectores oeste y sur del edificio y la demolición de gran parte de la casa de Don Mauro, de la cual solo se conservó hasta la actualidad, parte del muro de contención en el costado norte del edificio y del arco de entrada de la casa.

Al parecer, la continuación de la obra en la década de 1930 estuvo en manos de José María Barrantes, quien retomó los planos realizados por Salazar y los redibujó; sin embargo, no todo lo proyectado en la versión de los planos existentes de 1936 llegó a concluirse.

Los primeros pasos de la construcción los dio la Dirección de Empleados Militares, aunque fueron continuados por la Dirección de Obras Públicas de la Secretaría de Fomento, según el estudio de Christian Kandler sobre la historia del edificio. El plano del Cuartel más antiguo existente, donde se observan secciones construidas entre 1917 y 1919, está firmado por José Francisco Salazar, arquitecto nacido en San José en 1892, quien estudio en Estados Unidos arquitectura para regresar al país en 1914.

Después de la Independencia de 1821 una de las estrategias claves para fortalecer el Estado fue concentrar el mando militar de las provincias en la capital josefina. Sin embargo, en las ciudades principales se mantuvieron o construyeron nuevos cuarteles y en los poblados más pequeños, los cabildos con escasos cuerpos policiales tenían estrechos recintos carcelarios usados como cárcel temporal.

Desde mediados del siglo XIX las fuerzas armadas tenían a la cabeza al Presidente y a su Estado Mayor, seguido por el grupo de oficiales (desde los generales hasta los sargentos segundos), después estaban los cabos y por último los soldados rasos. Los cuerpos principales del ejército eran la caballería, la artillería y la infantería.

A inicios del siglo XX, los principales cuarteles de San José eran el Bellavista y el de Artillería. Con una gran plaza al frente, el Cuartel de Artillería estaba ubicado donde está actualmente el Banco Central. A su alrededor se encontraban el antiguo Congreso, el Cuartel de Policía de San José y el Ministerio de Guerra y Marina.

Los abusos de la dictadura de Tinoco y el fracaso de la guerra con Panamá en 1921 contribuyeron al desprestigio de la institución militar. Desde la década de 1920 el ejército sufrió un proceso de debilitamiento, al abandonar progresivamente las funciones de represión de la población en manos de la policía y la defensa del territorio nacional que fue asumida indirectamente por los Estados Unidos.

Ese proceso de debilitamiento se evidenció en el tipo de armamento que tenía el ejército, por tal motivo, no es casual, la ausencia de una mayor cantidad de armamento moderno de la época, como en este listado del almacén de guerra del Bellavista en 1930.

Durante la Guerra Civil de 1948, el Ejército de Liberación Nacional liderado por José Figueres Ferrer contó con mejor armamento que el mismo gobierno, en parte por con la ayuda de la Legión del Caribe, Figueres obtuvo armas por vía aérea desde Guatemala.