El crecimiento y realización de actividades por parte de la población humana ha ocasionado un deterioro ecológico, que incide negativamente sobre el bienestar y la salud de las personas y otros seres vivos, entre ellos los líquenes. Ejemplo de esto es el aumento de los vehículos automotores, los cuales liberan a la atmósfera agentes contaminantes como el monóxido y dióxido de carbono, el dióxido de azufre y el plomo, los que ocasionan daños en los ecosistemas y en la calidad de vida de las personas.

Los líquenes son una simbiosis entre dos organismos, están formados por un hongo y un alga verde o una cianobacteria; el resultado de esta unión es un organismo nuevo y diferente.

El alga es el productor de energía en esta asociación y el hongo le proporciona sales minerales que absorbe del sustrato y/o del polvo atmosférico y del agua de lluvia, por lo que se denominan, organismos epífitos.

Tienen una distribución mundial, pueden vivir en casi cualquier tipo de ecosistemas terrestres. Pueden crecer sobre rocas, musgos, corteza de los árboles, hojas y suelo.

Por su aspecto externo se pueden distinguir tres formas diferentes de talo o cuerpo vegetativo:

1. Crustáceos
2. Foliosos
3. Fruticosos

A diferencia de las plantas, los líquenes no poseen una serie de estructuras activas para regular la entrada y salida del agua y los gases, por lo que, los contaminantes que existen en la atmósfera se acumulan en su interior.

Algunas de las características que los hacen excelentes bioindicadores son:

• Tienen un talo duradero que no posee cutícula protectora, esto hace que su superficie queda expuesta al aire permitiendo el paso de líquidos y gases libremente hacia su interior.
• No dependen del sustrato en el que se mantienen para su nutrición.
• No poseen mecanismos de excreción ni mecanismos de defensa, por lo tanto, pueden concentrar distintos compuestos como los componentes atmosféricos diluidos.

Al ser utilizados como bioacumuladores, para medir el estado de la atmósfera, los científicos recurren a la fisiología de los líquenes, dado que acumulan metales pesados que toman de la atmósfera.

Son muchos los metales pesados que se han estudiado en las células de los líquenes, por ejemplo: el aluminio que es el resultado de la fabricación industrial de utensilios, envases, materiales de construcción y pinturas; el mercurio, que proviene de la actividad minera; el plomo, que resulta de la combustión vehicular y el zinc, que puede ser liberado al ambiente por el desgaste de las llantas y la quema de llantas viejas.

Los procesos de combustión del tráfico vehicular son los principales responsables de la generación de óxidos de azufre, mono y dióxido de carbono. Las fábricas de cemento y plantas químicas de fertilizantes son los mayores productores de óxidos de nitrógeno.

El aumento en la atmósfera de estos compuestos contribuye a la formación de la lluvia ácida. Esto provoca la incapacidad en los líquenes para realizar la fotosíntesis, decoloración de su superficie, separación del sustrato, cambios en la respiración celular, fijación del nitrógeno y la transferencia de nutrientes del alga al hongo, lo que ocasiona daños en el cuerpo del liquen y puede causar la muerte de los individuos.

En Costa Rica hay pocos estudios sobre la cobertura de líquenes y su relación con la contaminación del aire. Se han publicado investigaciones que abarcaron un período de veinte años y hacen referencia al cambio en la masa de líquenes en San José y su relación con la contaminación del aire, representada mediante su cobertura en troncos de árboles.

En una investigación realizada en la ciudad de San José (2008-2009), se analizó la presencia de líquenes en árboles de 40 parques urbanos y se demostró  que la cobertura de los líquenes disminuye ante la circulación de masas de aire en las zonas más contaminadas. Este tipo de estudios es importante para la ubicación de edificios como escuelas y hospitales que requieren de aire puro y así prevenir enfermedades respiratorias.