La colección etnográfica está compuesta por los bienes que fueron elaborados por comunidades indígenas desde el siglo XIX hasta el presente. Nuestra colección comprende en su mayor parte objetos provenientes de la región de Talamanca, los cuales fueron colectados desde la década de 1930, son objetos de uso cotidiano y ritual de las diferentes comunidades indígenas de nuestro país como los ngöbe, boruca, maleku, entre otros, se cuenta con algunos bienes de comunidades indígenas latinoamericanas como la garífuna y shuar y algunas de África.
Está conformada por artesanías, tejidos, accesorios, instrumentos musicales y herramientas, los cuales están elaborados en diversos materiales como por ejemplo cortezas de árbol, arcilla, madera, piedra, plumas, frutos, huesos y pieles de animales.