La investigación histórica en el Museo Nacional de Costa Rica tiene como objetivos generar, divulgar y proyectar la historia, la diversidad y el patrimonio cultural del país.
Los resultados científicos y divulgativos de estas investigaciones se han dirigido en primer lugar a desarrollar la curaduría de exhibiciones, a profundizar en la historia del Museo Nacional y de su edificio, a generar material divulgativo de muy diversa índole y a enriquecer el conocimiento relativo a las colecciones históricas del Museo, que ascienden a 40 mil bienes.